Seconde partie : Nous ne sommes plus nous-mêmes
Après avoir fait leur rapport sur l'Alcubierre, nos officiers sont maintenant envoyés enquêter sur Kortar, un poste militaire avancé Klingon au bord de la zone neutre. Cette investigation est faite avec l'accord les autorités klingonnes. La station Kortar a cessé d'emettre après avoir volontairement vidé son atmosphère dans l'espace et envoyé un étrange message sur toutes les fréquences où l'officier commandeur hurlait — "Nous ne sommes plus nous-mêmes !"
Sur Kortar, les joueurs découvrent que les parasites neuraux ont non seulement infiltré la station mais ont en plus effectué des manipulations génétiques et des expériences médicales sur leurs "hôtes" klingons, ceux-ci semblant de part leur résistance naturelle élevée de très bon sujets d'expérimentation. L'analyse des communication cryptées de la base revèle des échanges de messages réguliers entre Kortar et un romulien localisé dans le système de Cordolan.
Une fois arrivé dans sur Cordolan, les joueurs découvrent un ancien site minier souterrain abandonné. Après avoir inflitré l'endroit, ils découvrent que des Romuliens infectés par les parasites neuraux se livrent secrètement à des expérimentation destinées semble-t-il à créer un nouvelle espèce de parasite évoluée sur des hôtes klingons. Les parasites ont pour cela réussi à manipuler Tal Duron, un généticien Trill (de par leur nature, les Trills étant au fait de toutes les études sur les relations symbiotiques entre être vivants). Le romuliens parasités - ainsi que plusieurs Klingons surpuissants résultats des expériences - ayant été mis hors d'état de nuire et le site minier détruit, le joueurs ont capturé et interrogé le Trill. Celui-ci leur a appris que d'autres Romuliens "parasités" était en train d'essayer de réparer un portail dimensionnel Iconien pour faire venir le reste de leur espèce depuis leur monde lointain d'origine dans le secteur de la Fédération… Problème : toutes les informations à propos de l'emplacement de ce portail ont été totalement effacées des bases de données utilisées par les parasites et leurs hôtes involontaires.
Ils font leur rapport d'urgence à Starfleet Command sur la situation via les canaux de communication standards mais étant loin dans la zone neutre, le commandement ne peut pas intervenir en urgence sous peine de problème politique avec Romulus. Les joueurs ont carte blanche pour intervenir au plus vite et au mieux pour contrer ce péril grandissant que représentent les parasites.
L'équipage de l'USS Surveyor NCC-2018 est donc livré à lui-même tout en gardant à l'esprit que le règlement de la Fédération et le Prime Directive doivent être préservés le plus possible. Un réunion d'urgence se tient donc à bord dans la salle de briefing entre tous les officiers afin de faire le point et trouver une solution à ce problème apparement insoluble…
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